L’analyse des protéines par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation – Time Of Fly) est une méthode simple et rapide, particulièrement adaptée à des mélanges peu complexes de protéines, qui permet de :
- identifier les protéines et/ou leurs partenaires obtenus par pull-down
- caractériser les protéines (mutations, modifications post-traductionnelles)
- cartographier les sites d’interaction entre protéines associées par cross-linking
La technique utilisée, la cartographie massique peptidique, consiste à digérer une protéine par une protéase de spécificité connue (trypsine principalement) et à déterminer la masse des peptides issus de cette digestion à l’aide d’un spectromètre de masse. La comparaison des masses expérimentales de peptides avec les masses théoriques résultant de digestions in silico de séquences protéiques présentes dans les banques de données permet l’identification des protéines.
Analyse par MALDI-TOF
Après digestion par une protéase, le mélange peptidique obtenu est co-cristallisé en présence d’une matrice spécifique et déposé sur une plaque métallique. Le spectromètre de masse utilisé est le MALDI AB SCIEX TOF/TOF 5800 situé à l’IPBS. Des tirs laser pulsés viennent désorber la matrice qui ionise l’échantillon par transfert de charge. Sous un champ électrique, les molécules ionisées sont accélérées et les ions vont voler librement dans un tube de vol sur une distance fixe et déterminée. L’appareil mesure le temps de vol qui sera proportionnel au ratio m/z (masse/charge) de l’ion et mesure ainsi la masse du peptide ionisé. L’ensemble des ions obtenus forme le spectre de masse caractéristique de l’échantillon.
En pratique
L’analyse est réalisée à partir de bandes provenant d’un gel d’acrylamide dénaturant coloré au bleu de Coomassie. Le gel, la coloration et la découpe des bandes sont effectués par le demandeur.
La digestion en peptides, l’analyse au MALDI-TOF, et le traitement des données sont réalisés par le service. Les résultats sont rendus sous forme de listes de protéines identifiées et de leurs cartographies massiques peptidiques.
Coût des analyses
22 euros par échantillon.
Contact: Anne CAUMONT-SARCOS – Email – 05 61 33 58 16 (LMGM) & Régine CAPEYROU – Email – 05 61 33 58 75 (MCD)