Les recherches menées au LMGM portent sur les mécanismes de plasticité et d’évolution des génomes bactériens, sur les réseaux de gènes et de protéines qui favorisent l’adaptation des bactéries et les processus qui influencent la croissance des microbes dans leurs niches.
Les thèmes de recherche sont regroupés dans le programme CBI Systèmes microbiens (SysMic).