Jeudi 15 Décembre 2022
Hicham Sekkouri Alaoui présentera ses résultats sur l’étude du mécanisme d’auto-assemblage du principal système de partition de l’ADN bactérien
Résumé :
Mon projet concerne l’auto-assemblage du complexe nucléoprotéique ParBS impliqué dans la partition des chromosomes et des plasmides à bas nombre de copies chez la plupart des bactéries. Des découvertes récentes ont révélé que ce système est catalysé par la liaison du CTP à la protéine ParB de liaison au centromère parS (Osorio-Valeriano et al., 2019; Soh et al., 2019). En effet, cet événement est essentiel au positionnement intracellulaire précis de milliers de ParB autour de quelques sites centromères parS. Cependant, le mécanisme d’auto-assemblage de ces structures en forme de gouttelettes reste spéculatif (Guilhas et al., 2020a), et un modèle physico-mathématique récent prédit un effet du surenroulement de l’ADN sur le profil de liaison de ParB (Walter et al., 2021). Basés sur des expériences de séquençage ChIP, les principaux objectifs de mon doctorat sont (i) de tester in vivo cet effet sur le modèle d’auto-assemblage de ParB et (ii) d’éclaircir le mode de propagation de ParB à partir de parS.
Pour ce faire, j’ai rassemblé un ensemble de souches reflétant une large gamme de densité de surenroulement d’ADN (σ). En effet, j’ai observé qu’E. coli topA, E. coli wt, S. thy LT2 wt et LT2 gyrB offrent une variation σ de l’ADN libre qui va de -0,038 à -à 0,026. Dans cette gamme, le résultat du profil de liaison ParB sur le plasmide F est fidèlement conservé ce qui confirme la pertinence des prédictions. Pour engendrer la condition de surenroulement nul, j’ai généré des souches bactériennes portant des plasmides F linéarisés par télomérisation (Deneke et al., 2000) dans la région de propagation ParB. Contrairement à la chute de signal immédiate attendue, les résultats du séquençage ChIP indiquent que la variation de densité de superenroulement de l’ADN n’affecte pas le schéma de liaison à l’ADN ParB jusqu’à la position des télomères. Une telle robustesse soutient l’idée d’un réseau synergique d’interactions ParB centré sur parS (Debaugny et al., 2018; Sanchez et al., 2015).
La soutenance de thèse sera précédée d’un séminaire : Dr Olivier Espeli (Collège de France, Paris) : « Strategies allowing E. coli associated with Crohn’s disease to survive within immune cells »